تنوع سیستمهای CRISPR/Cas در جنس لوکونوستوک
عنوان مقاله: تنوع سیستمهای CRISPR/Cas در جنس لوکونوستوک
شناسه ملی مقاله: JR_GEB-12-2_009
منتشر شده در در سال 1402
شناسه ملی مقاله: JR_GEB-12-2_009
منتشر شده در در سال 1402
مشخصات نویسندگان مقاله:
سارا غفاریان - Department of Cellular and Molecular Biology, Faculty of Sciences, Azarbaijan Shahid Madani University, Tabriz, Iran
بهمن پناهی - Department of Genomics, Branch for Northwest & West region, Agricultural Biotechnology Research Institute of Iran (ABRII), Agricultural Research, Education and Extension Organization (AREEO), Tabriz, Iran.
خلاصه مقاله:
سارا غفاریان - Department of Cellular and Molecular Biology, Faculty of Sciences, Azarbaijan Shahid Madani University, Tabriz, Iran
بهمن پناهی - Department of Genomics, Branch for Northwest & West region, Agricultural Biotechnology Research Institute of Iran (ABRII), Agricultural Research, Education and Extension Organization (AREEO), Tabriz, Iran.
عفونت بوسیله باکتریوفاژها یکی از چالشهای مهم کاربرد باکتریهای مختلف در صنایع میباشد. یکی از سیستمهای ضد ویروسی ذاتی در باکتریها سیستم CRISPR/Cas می باشد و تعیین ویژگی این سیستمها در باکتریها میتواند در فرمولاسیون و بکارگیری این باکتریها نقش کمک کنندهای داشته باشد بر این اساس به منظور شناسایی سیستم CRISPR/Cas در باکتریهای جنس لوکونوستوک، توالی ژنوم کامل ۱۸ گونه شناسایی شدهی این جنس مورد کاوش قرار گرفت و اطلاعات سیستم CRISPR/Cas آنها بر اساس الگوریتمهای مبتنی بر همولوژی بررسی گردید. در مرحله بعد ویژگیهای مربوط به ساختارهای کونفورماسیونی و پایداری سیستمهای شناسایی شده بر اساس انرژی آزاد تعیین، جایگاه شناسایی فاژها (PAM ) با استفاده از رویکردهای مبتنی بر BLAST شناسایی، و در نهایت روابط خویشاوندی این سیستمها بر اساس توالی آمینواسیدی پروتئینهای همراه مورد ارزیابی قرار گرفت. بر اساس نتایج بدست آمده از مجموع ۱۸ گونه ثبت شده برای این جنس در NCBI، ۹ گونه دارای سیستم CRISPR/Cas کامل بودند. نتایج مربوط به تعیین نوع سیستم CRISPR/Cas ، نشان داد که غیر از یک مورد، همه سویهها حاوی سیستم نوع II-A میباشند. تعداد توالیهای تکراری در این سیستمها بین ۴ تا ۱۰۱ عدد و طول متوسط توالیهای فاصله دهنده بین ۲۸ تا ۳۰ نوکلوئوتید متغییر بودند. در مجموع ۹ نوع توالی PAM در انتهای ´۳ و ۹ نوع توالی PAM در انتهای ´۵ این سیستمها شناسایی شد. بر اساس نتایج آنالیز خویشاوندی، این سیستمها در دو گروه اصلی تقسیمبندی شدند. سیستم CRISPR/Cas نوع II-A فعالترین سیستم بر علیه DNA مهاجم خارجی در باکتریهای جنس لوکونوستوک باشد.
کلمات کلیدی: Leuconostoc, CRISPR, Diversity, Relationship, Structure., لوکونوستوک, CRISPR, تنوع, رابطه خویشاوندی, ساختار
صفحه اختصاصی مقاله و دریافت فایل کامل: https://civilica.com/doc/1941713/