ورود
مقالات فارسیISIکنفرانسهاژورنالها

جستجوی نشانه های انتخاب بین گاومیش های آذری و مازندرانی با استفاده از نشانگرهای SNP با تراکم زیاد

محل انتشار: فصلنامه علوم دامی ایران، دوره: 50، شماره: 2
سال انتشار: 1398
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: فارسی
مشاهده: 415

فایل این مقاله در 14 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد

استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:

لینک ثابت به این مقاله:
https://civilica.com/doc/1015684

شناسه ملی سند علمی:

JR_IJAS-50-2_001

تاریخ نمایه سازی: 6 خرداد 1399

چکیده مقاله:

به­منظور یافتن نشانه­های انتخاب بر روی ژنوم گاومیش از 287 راس گاومیش رودخانه­ای شامل 260 راس آذری و 27 راس مازندرانی استفاده شد. ژنوتیپ نمونه­ها به­وسیله­ آرایه­های ژنومی Axiom® Buffalo Genotyping 90K تعیین شد و برآوردگر نااریب FST (θ) برای یافتن نشانه­های انتخاب مورد استفاده قرار گرفت. در مجموع 14 منطقه که نشانگرهای SNP آن­ها بالاتر از 1/0 درصد حد بالای توزیع تجربی FST بودند، به­عنوان نشانه­های انتخاب شناسایی شدند. بعد از انطباق مناطق ژنومی انتخاب شده با مناطق­ژنومی متناظر آن روی ژنوم گاو (UMD3.1 Bos Taurus Genome)، 105 ژن و 28 QTL شناسایی شد. از مجموع 105 ژن شناسایی شده در مناطق ژنومی تحت­ انتخاب، 27 ژن مربوط به گیرنده­های بویایی بودند. همچنین یک­سری از ژن­های شناسایی شده در رشد و توسعه بافت­های بدنی، مرگ­و­میر سلولی، سیستم ایمنی بدن و توسعه بافت­های پستانی نقش دارند. بررسی­ها هم­چنین نشان داد که QTL­های شناسایی شده در این مطالعه عمدتا با صفات مربوط به رشد از قبیل وزن بدن در تولد، شیرگیری و بلوغ، چربی زیرپوستی، تولید گوشت لخم و وزن لاشه ارتباط دارد. QTL­های مرتبط با تولید شیر، فقط با کیفیت شیر و تعداد سلول­های شیر ارتباط دارند. در هر صورت، توصیه می­شود جهت شناسایی نقش دقیق این ژن­ها و QTL­ها بایستی مطالعات ارتباطی انجام گیرد.

کلیدواژه ها:

آرایه های ژنومی ، شاخص تمایز جمعیتی ، گاومیش آذری و مازندرانی

نویسندگان

مهدی مخبر

استادیار، گروه علوم دامی دانشگاه ارومیه، ارومیه، ایران

محمد مرادی شهربابک

استاد، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج، ایران

مصطفی صادقی

دانشیار، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج، ایران

حسین مرادی شهربابک

استادیار، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج، ایران

مراجع و منابع این مقاله:

لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :
  • Ache, B. W. & Young, J. M. (2005). Olfaction: Diverse ...
  • AGRI. (2014). http://amar.maj.ir ...
  • Akey, J. M., Zhang, G., Zhang, K., Jin, L. & ...
  • Alberts, C. C., Ribeiro-Paes, J. T., Aranda-Selverio, G., Cursino-Santos, J. ...
  • Alexander, C. M., Goel, S., Fakhraldeen, S. A. & Kim, ...
  • Amaral, M. E., Owens, K. E., Elliott, J. S., Fickey, ...
  • Amato, R., Pinelli, M., Monticelli, A., Marino, D., Miele, G. ...
  • Ashwell, M. S., Heyen, D. W., Sonstegard, T. S., Van-Tassell, ...
  • Azizi, Z., Rafat, A., Shoja, J., Moradi Shahrbabak, H. & ...
  • Bernard, C., Cassar-Malek, I., Le Cunff, M., Dubroeucq, H., Renand, ...
  • Barendse, W., Harrison, B. E., Bunch, R. J., Thomas, M.  ...
  • Biswas, S. & Akey, J. M. (2006). Genomic insights into ...
  • Borghese, A. (2005). Buffalo Production and Research. FAO. 315. ...
  • Borghese, A. (2011). Situation and perspectives of buffalo in the ...
  • Buitenhuis, B., Janss, L. L., Poulsen, N. A., Larsen, L. ...
  • Campbell, A. M., Williamson, J., Padula, D. & Sundby, S. ...
  • Chen, R., Irwin, D. M. & Zhang, Y. P. 2012. ...
  • Cole, J., Van-Raden, P., O’Connell, J., Van-Tassell, C., Sonstegard, T., ...
  • Daetwyler, H. D., Schenkel, F. S., Sargolzaei, M. & Robinson, ...
  • Doran, A. G., Berry, D. P. & Creevey, C. J. ...
  • Ensembl BioMart: Ensembl online genome database BioMart Tool. http://www.ensembl.org/biomart/martview/. ...
  • EntrezGene: NCBI Resources EntrezGene. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/. ...
  • FAO. (2013). FAO statistics website. http://www.fao.org/statistics/en/ ...
  • FAO. (2014). FAO statistics website. http://www.fao.org/statistics/en/ ...
  • Gibbs, R. A., Taylor, J. F., Van Tassell, C. P., ...
  • Grimberg, J., Nawoscihik, S., Belluscio, L., McKee, R., Turk, A. ...
  • Groenen, M. A. M., Archibald, A. L., Uenishi, H., Tuggle, ...
  • Hawken, R. J., Zhang, Y. D., Fortes, M. R. S., ...
  • Hider, J. L., Gittelman, R. M., Shah, T., Edwards, M., ...
  • Höglund, J. K., Guldbrandtsen, B., Lund, M. S. & Sahana, ...
  • Hoglund, J. K., Guldbrandtsen, B., Su, G., Thomsen, B. & ...
  • Hrašovec, S., Hauptman, N., Glavač, D., Jelenc, F. & Ravnik-Glavač, ...
  • Imumorin, I. G., Kim, E. H., Lee, Y. M., De ...
  • Kijas, J.W., Lenstra, J.A., Hayes, B., Boitard, S., Neto, L.R.P., ...
  • Kimura, M. (1985). The neutral theory of molecular evolution. Cambridge ...
  • Kuhn, C., Bennewitz, J., Reinsch, N., Xu, N., Thomsen, H., ...
  • Leutenegger, A. L., Prum, B., Génin, E., Verny, C., Lemainque, ...
  • Li, C., Sun, D., Zhang, S., Wang, S., Wu, X., ...
  • Lu, D., Miller, S., Sargolzaei, M., Kelly, M., Vander Voort, ...
  • Malnic, B., Godfrey, P. A. & Buck, L. B. (2004). ...
  • McClure, M. C., Morsci, N. S., Schnabel, R. D., Kim, ...
  • Mirhabibi, S., Manafiazar, G. H., Qaravisi, S. & Mahmoodi, B. ...
  • Misra, A. & Tyagi, S. (2010a). In vivo embryo production ...
  • Moaeen-ud-Din, M. (2014). Buffalo genome research - a review. Animal ...
  • Mokhber, M. (2015). A genome-wide scan for Selective signatures in ...
  • Mokhber, M., Moradi, M., Sadegi, M., Moradi, H. & Williams, ...
  • Moradi, M. H., Nejati-Javaremi, A., Moradi-Shahrbabak, M., Dodds, K. G. ...
  • Moreno-Estrada, A., Casals, F., Ramı´rez-Soriano, A., Oliva, B., Calafell, F. ...
  • Naserian, A. A. & Saremi, B. (2010). Water buffalo industry ...
  • Nicolazzi, E. L., Iamartino, D. & Williams, J. L. (2014). ...
  • Nielsen, R. & Yang, Z. (1988). Likelihood models for detecting ...
  • Othman, O. E.  (2006). Restriction fragment length polymorphism and gene ...
  • Pérez O’Brien, A. M., Utsunomiya, Y. T., Gábor Mészáros, V. ...
  • Price, A. L., Patterson, N. J., Plenge, R. M., Weinblatt, ...
  • Purcell, S., Neale, B., Todd-Brown, K., Thomas, L., Ferreira, M. ...
  • Qanbari, S., Pausch, H., Jansen, S., Somel, M., Strom, T.M., ...
  • Qanbari, S., Strom, T. M., Haberer, G., Weigend, S., Gheyas, ...
  • R version3.0.2 [computer software]. (2013). http:// www.r-project.org/. ...
  • Raven, L. A., Cocks, B. G., Goddard, M. E., Pryce, ...
  • Rodriguez-Zas, S. L., Southey, B. R., Heyen, D. W. & ...
  • Rubin, C. J., Zody, M. C., Eriksson, J., Meadows, J. ...
  • Sabeti, P. C., Reich, D. E., Higgins, J. M., Levine, ...
  • Sahana, G., Guldbrandtsen, B. & Lund, M. S. (2011). Genome-wide ...
  • Seidenspinner, T., Bennewitz, J., Reinhardt, F. & Thaller, G. (2009). ...
  • Strillacci, M. G., Frigo, E., Canavesi, F., Ungar, Y., Schiavini, ...
  • Strillacci, M. G., Frigo, E., Schiavini, F., Samoré, A. B., ...
  • Tajima, F. (1989). Statistical method for testing the neutral mutation ...
  • Teo, Y. Y., Fry, A. E., Clark, T. G., Tai, ...
  • The Bovine HapMap Consortium, Gibbs, R. A., Taylor, J. F., ...
  • Utsunomiya, Y. T., O’Brien, A. M. P., Sonstegard, T. S., ...
  • Weir, B. S. & Cockerham, C. C. (1984). Estimating F-statistics ...
  • Yang, S., Li, X., Li, K., Fan, B. & Tang, ...
    • نمایش کامل مراجع