شناسایی بیوانفورماتیک دو ویروس جدید از پسته ایرانی

پسته یکی از گیاهان پر اهمیت اقتصادی بوده و به خانواده Anacardiaceae تعلق دارد. گزارش های مرتبط با عوامل ویروسی در این گیاه به ویروئید کوتولگی رازک، آمپلوویروس آ پسته و ویروس ب پسته محدود است. در مطالعه حاضر به منظور بررسی حضور احتمالی ویروس ها در پسته ایرانی به واکاوی داده های ترنسکریپتومیک عمومی پرداخته شد. دوازده داده با خوانش جفت شده از پایگاه داده SRA قابل دسترس در وب سایت NCBI اخذ گردید. آر ان ا های گیاهی پس از همردیف سازی داده ها بر روی ژنوم مرجع پسته به وسیله نرم افزار Hisat۲، حذف گردید. توالی های غیر گیاهی به وسیله نرم افزارهای MEGAHIT و Trinity مونتاژ و نتیجه حاصله به منظور شناسایی توالی های ویروسی توسط نرمافزار BLASTx در توالی های مرجع ویروسی مورد جستجو قرار گرفت. دو ویروس ناشناس متعلق به خانواده Kitaviridae شناسایی و موقتا ویروس ایکس پسته (MT۳۳۴۶۱۸-۲۰) و ویروس وای پسته (MT۳۶۲۶۰۵-۰۶) نام گذاری گردیدند. بر اساس ساختار ژنوم، تشابه ژنتیکی و روابط فیلوژنتیک پیشنهاد می شود این دو ویروس ناشناخته به ترتیب به عنوان عضوی از جنس های Higrevirus و Cilevirus در نظر گرفته شوند. تعداد بالای توالی های ویروسی در نمونه های ریشه و برگ، احتمال آلودگی سیستمیک ویروسی ایکس پسته را مطرح می نماید. براساس بررسی های صورت گرفته، این اولین گزارش از توالی ژنومی عامل ویروسی احتمالی بر روی پسته ایرانی می باشد.

کلیدواژه ها:

RNA-Seq ، Kitavirdae ، پسته ، ویروس ، آر ان آ